傳統的刑事訴訟的證明責任是由公訴機關承擔。被告人不負自證無罪的責任。因此，刑事訴訟中被告人或嫌疑人一般不負舉證責任。巨額財產來源不明罪出臺后，多數學者認為本罪打破了刑事訴訟舉證責任的常規，實行了舉證責任的倒置。倒置的理由就是“說明來源”，不能說明來源，即以巨額財產來源不明罪定罪處罰。因此，被告人或者嫌疑人必須提供證明說明“說明來源”的真實性，才能逃避巨額財產來源不明罪的懲罰。但也有觀點認為，巨額財產來源不明罪的舉證責任并沒有打破常規，仍由公訴機關承擔舉證責任。被告人或嫌疑人只需說明來源，至于“說明來源”的真假，仍由公訴機關舉證證明，被告人或嫌疑人不負舉證責任。

筆者認為，就目前來說，巨額財產來源不明罪的舉證責任是“倒置”還是“正置”，法律并沒有一個明確的說法，司法實踐中的具體做法也并沒有要求被告人或嫌疑人舉證說明自己無罪，而仍然采取了傳統的做法由公訴機關證明行為人“說明來源”的“真假”。筆者認為，分配舉證責任，要從有利于證明案件事實的角度出發，要考慮舉證責任分配的可能性與現實性，并結合立法的目的。舉證責任分配可能性是指當事人提供證據的能力。標準有兩個：一是證據應當或者事實上為哪一方當事人所掌握和控制；二是由哪一方當事人提供證據所造成的困難最小。將舉證責任分配給永遠無法證明的一方當事人顯然是錯誤的。從舉證責任分配的可能性與現實性出發，不可否認，由行為人提供證據證明巨額財產的真實來源要比公訴機關容易得多。另外，巨額財產來源不明罪是對行為人不如實說明財產真實來源的行為的懲罰，是一種“行為型”犯罪。行為人有能力說明而“拒不說明”，只能認為其愿意接受巨額財產來源不明罪的處罰。因此，筆者建議，巨額財產來源不明罪即使不實行舉證責任倒置，也必須提高行為人“說明來源”的程度，如“舉證說明”或提供確切證據線索說明或者作出“合理滿意的說明”等。甚至讓行為人承擔適當的舉證責任。一是因為行為人是國家工作人員，犯罪主體是特殊主體，巨額財產來源不明罪是身份犯，其對巨額財產的真實來源負有法定的申報或說明義務，不履行該法定義務即可構成本罪。二是因為行為人承擔一定的舉證責任，更符合舉證責任分配的現實性與可能性。三是因為行為人對自己的主張承擔一定的舉證責任。筆者認為并不違背“被告人不得自證無罪”的舉證規則。因為行為人提供確鑿的證據或線索說明巨額財產的真實來源，只是對自己的主張負責，罪與非罪的舉證責任仍然由公訴機關承擔。行為人的主張不能成立，行為人并不必然構成巨額財產來源不明罪。公訴機關如果以巨額財產來源不明罪對行為人提起公訴，必須有確鑿的證據證明行為人有“拒不說明”財產真實來源的行為。也就是行為人說明的“真假”，必須由公訴機關舉證證實。四是如果行為人對其“說明”沒有任何責任，其就會將巨額財產的來源任意作虛假說明，或者作了真實說明，但檢察機關不能查明財產的真實來源，責任如何承擔？由行為人承擔是不符合道理的，因為行為人已作“說明”。檢察機關不能查明的責任只能由檢察機關自己負責。按照“疑罪從無”的原則只能推定行為人無罪。那，巨額財產來源不明罪只能形同虛設。因此，筆者建議應提高“說明”的程度或標準。并且限定其“說明或申報”的時間，不能讓其無限期拖延下去，以提高司法效率。

另外，法條規定責令說明來源，是“可以”，而不是“應當”，筆者認為這樣規定不嚴謹。“可以”包含不是必須的意思。司法機關發現行為人持有或支出巨額財產按照法律規定是“可以”責令其說明來源，既然是“可以”，當然也可以不責令其說明來源。這樣容易給行為人和司法機關造成一種錯覺，責令其說明來源是構成巨額財產來源不明罪的一個前提條件。也給一些司法人員與行為人同流合污打開了方便之門。司法人員在辦案過程中可以無視行為人持有或支出巨額財產的事實，而只按發現并查明的其他事實草草結案，無疑是放縱了犯罪。但是因為法條規定的是“可以”，而不是“應當”。司法人員即使鉆了法律的空子，也不構成失職。“既然是可以，當然也不可以”。因此，為了杜絕上述法律漏洞，筆者建議，法條應將“可以”規定為“應當”，以增強法條的嚴謹性。