在我國刑事訴訟中，自訴案件是指被害人或者他的法定代理人向法院起訴，要求追究被告人刑事責任，由法院直接受理的刑事案件。根據刑訴解釋第188條第5項規定，對于自訴案件法院經審查被告人下落不明的，應當說服自訴人撤回自訴，或者裁定駁回起訴。但是被告人犯罪后長期下落不明，或者犯罪后蓄意出外躲避刑罰（這時的表現形式也是下落不明），等到犯罪已過追訴的時效期限時重新出現，此時如何保護自訴人的合法權益呢？雖然刑法第88條第2款規定被害人在追訴期限內提出控告，人民法院、人民檢察院、公安機關應當立案而不予立案的，不受追訴期限的限制。但是在提起自訴時被告人下落不明而被法院駁回起訴情況不屬于刑法第88條規定的情況，因為該條針對的是公檢法應當立案而不予立案的情況；而在提起自訴時被告人下落不明則依照司法解釋的規定屬于不應當立案的情況，所以不應當納入刑法第88條規定的范圍。畢竟，在自訴人提起自訴時被告人外出躲避刑罰不是自訴人的過錯。

我國刑法立法目的和刑法任務之一就是為了懲罰犯罪，保護人民。而且主要在于通過懲罰犯罪來保護人民。具體而言，我國刑法是通過規定和追究犯罪人的刑事責任的手段來實現其社會保護功能的。我國刑法規定了犯罪人的刑事責任及其主要負擔方式刑罰，其目的在于預防犯罪，包括對犯罪人的特殊預防和對其他人的一般預防。刑法的目的同樣在于維護公民、單位、國家和社會的合法權益，即法益。正如張明楷教授所言，刑法也是保護法?！靶谭ǖ娜蝿湛筛爬楸Ｗo合法權益，保護的方法是禁止和懲罰侵犯合法權益的犯罪行為。懲罰和保護密切聯系：不使用懲罰手段抑止犯罪行為，就不可能保護合法權益；為了保護合法權益，必須有效地懲罰各種犯罪；懲罰是手段，保護是目的。那么在上述情況下自訴人的合法權益顯然是無法保護的，是顯失公允的是與刑法的目的與任務相悖的。

另外我國刑事訴訟法第1條也規定把“懲罰犯罪，保護人民”作為其目的之一，我國刑事訴訟的價值目標是公正優先兼顧效率。刑事自訴中的自訴人屬于被害人的范疇，保障刑事被害人的合法權益，直接關系到刑事司法的公正性和社會秩序的穩定。聯合國大會1985年11月29日的40／34號決議通過《為罪行和濫用權力行為受害者取得公理的基本原則宣言》，以聯合國文書的形式集中規定了保障罪行受害者的基本原則。這表明，加強對刑事被害人權益的保障，已成為世界各國的一項共識成為世界潮流。刑事被害人是無辜的保護他們的合法權益是法律的責任！我國現行刑法、刑事訴訟法對被害人的保護是不充分的。因為注重于被告人本位，在某種程度上，刑事被害人再度成為刑事司法制度的受害者。而我國的現行的刑事訴訟法規定在提起自訴時被告人下落不明時對于自訴人服自訴人撤回自訴，或者裁定駁回自訴的規定顯然是與刑事訴訟的目的及價值目標不符的。

綜上從我國刑法、刑事訴訟法的目的與任務來看，在提起自訴時被告人下落不明的對自訴人的控訴的規定：犯罪已過追訴時效期限的，應當說服自訴人撤回自訴，或者裁定駁回起訴。這是和我國的刑法及刑事訴訟法的目的與任務背道而馳的，因為在提起自訴時被告人下落不明的對自訴人救濟應當是我國的刑法及刑事訴訟法目的與任務使然，立法上應當在刑法第88條增加對于在提起自訴時被告人下落不明時對自訴人救濟之規定：適當延長追訴的時效；或交由公安機關受理以查明被告人的下落。而最高人民法院的刑訴解釋第188條也可以在增加但書之規定：即自訴人有證據證明被告人犯罪后蓄意出外躲避刑罰的或者不可歸責于自訴人的原因在提起自訴時被告人下落不明時應當不受刑訴解釋第188條第三項規定之限制，最大限度的保護自訴人的合法權益以達到刑法的懲罰犯罪與保護人民的統一。